基本信息

院系：必赢唯一官方网站

职称：教授

导师资格：博士生导师、硕士生导师

研究领域：应用数学、数据科学、AI4Science

 

个人简介

        孙小强，必赢唯一官方网站教授、博士生导师。从事应用数学与生命科学交叉研究，研究方向包括计算系统生物学、生物信息学和数学肿瘤学。在分子调控网络、细胞通讯网络和多尺度动力学建模等方面研发了一整套新方法并应用于肿瘤耐药、感染免疫、再生医学等复杂疾病研究。以第一/通讯作者在Science Advances（Science子刊）、Genome Research（Nature Index期刊）、Biomaterials（2篇）、Research、PLoS Computational Biology（3篇）、Bioinformatics、Briefings in Bioinformatics（3篇）、IEEE JBHI等重要期刊上发表论文40余篇，其中JCR一区20余篇。

       主持国家自然科学基金3项（2项面上、1项青年）、广东省自然科学基金杰出青年基金项目等；作为骨干成员参加国家重点研发计划项目、国自然重点项目等。现担任Mathematical Biosciences and Engineering等专业期刊的编委/副主编（Associate Editor)，曾担任PLoS Computational Biology的客座副编辑（Guest Associate Editor）。受邀担任Nature Computational Science、Nature Communications、Nature Protocols等多个国际知名期刊的审稿人，及法国、荷兰和澳大利亚等国外基金的评审专家，担任中国运筹学会计算系统生物学分会理事，中国工业与应用数学学会数学生命科学专委会委员，中国自动化学会智能健康与生物信息专委会委员。

 

学术论著

  

  1. Luo J, Deng M, Zhang X, Sun X*. ESICCC as a systematic computational framework for evaluation, selection and integration of cell-cell communication inference methods. Genome Research. 2023, 33(10):1788-1805.
  2. Ni X#, Wu W#, Sun X*#, Ma J, Yu Z, He X, Cheng J, Xu P, Liu H, Shang T, Xi S, Wang J*, Zhang J*, Chen Z*. Interrogating glioma-M2 macrophage interactions identifies Gal-9/Tim-3 as a viable target against PTEN-null glioblastoma. Science Advances. 2022, 8(27):eabl5165. 
  3. Sun X*, Zhang J, Nie Q*. Inferring latent temporal progression and regulatory networks from cross-sectional transcriptomic data of cancer samples. PLoS Computational Biology. 2021, 17(3):e 1008379.
  4. Yan L, Sun X*.  Benchmarking and integration of methods for deconvoluting spatial transcriptomic data. Bioinformatics. 2023, 39(1):btac805.
  5. Cheng J, Zhang J, Wu Z, Sun X*. Inferring microenvironmental regulation of gene expression from single-cell RNA sequencing data using scMLnet with an application to COVID-19. Briefings in Bioinformatics. 2021. 22(2):988-1005.
  6. Zhang J, Guan M, Wang Q, Zhang J, Zhou T, Sun X*. Single-cell transcriptome-based multilayer network biomarker for predicting prognosis and therapeutic response of gliomas. Briefings in Bioinformatics. 2020. 21(3):1080-1097.
  7. Zhang J#, Zhu W#, Wang Q, Gu J, Huang Frank L.*, Sun X*. Differential regulatory network-based quantification and prioritization of key genes underlying cancer drug resistance based on time-course RNA-seq data. PLoS Computational Biology. 2019. 15(11): e1007435.
  8. Zheng Y, Zhao Q, Bao J, Zhou T, Sun X*. A spatio-temporal model of macrophage-mediated drug resistance in glioma immunotherapy. Molecular Cancer Therapeutics. 2018, 17(4):814–24.
  9. Sun X, Kang Y, Bao J, Zhang Y*, Yang Y*, Zhou X*. Modeling vascularized bone regeneration within a porous biodegradable CaP scaffold loaded with growth factors. Biomaterials. 2013; 34: 4971-4981. 
  10. Sun X*, Bao J, Nelson K, Li K, Kulik G*, Zhou X*. Systems modeling of anti-apoptotic pathways in prostate cancer: psychological stress triggering synergism pattern switch in drug combination therapy. PLoS Computational Biology. 2013;9(12):e1003358.

    全部论文列表见：https://www.researchgate.net/profile/Xiaoqiang_Sun2

 

科研项目

主持（负责人）：

  1. 国家自然科学基金—面上项目，“基于空间转录组数据推断细胞通讯多层调控网络的模型与方法”，2023.01-2026.12。
  2. 必赢体育官网登录创新人才培育计划项目，“肿瘤耐药的计算系统生物学研究”，2023.01-2024.12。
  3. 必赢体育官网登录青年教师重点培育项目，“肿瘤耐药的生物分子网络与多尺度动力学建模”，2020.01.01-2021.12.31。
  4. 广东省自然科学基金—杰出青年基金项目，“肿瘤耐药的组学数据分析和多尺度动力学建模”， 2019.09-2023.09 。
  5. 国家自然科学基金—面上项目，“细胞微环境介导肿瘤耐药性的多尺度系统建模、分析与控制”，2019.01-2022.12。
  6. 广东省计算科学重点实验室开放基金，“基于临床组学数据构建疾病动态分子网络”， 2018.05-2020.04 。
  7. 国家自然科学基金—青年科学基金项目 ，“基于力学-生物化学信号通路的组织工程骨多尺度建模”， 2016.01-2018.12 。
  8. 广东省自然科学基金—面上项目 ，“基于系统建模的骨再生模拟、控制与优化”， 2016.08-2019.08 。
  9. 广东省自然科学基金—博士启动 ，“脑胶质瘤的多尺度建模及药物治疗的评价与优化”， 2015.01-2018.01 。
  10. 必赢体育官网登录“百人计划”引进人才启动经费，负责人， 2014.12-2017.12 。

参与（骨干成员）：

  1. 国家重点研发计划，“数字化细胞参照系研究、建设与示范应用”，2021YFF1200903. 2021.12-2024.11.
  2. 国家自然科学基金—重点项目，“单细胞测序数据分析的理论和算法”，11931019. 2020.01-2024.12.
  3. 国家重点研发计划，“精准医学大数据的有效挖掘与关键信息技术研发”，SQ2018YFC090124. 2018.06-2020.10.
  4. 国家重点研发计划，“基于人工智能的临床辅助决策支持新型服务模式解决方案”，2018YFC0116900. 2018.7-2020.12.

 

人才培养

指导硕士生8人，博士生3人，多名学生获得国家奖学金、一等学业奖学金、必赢体育官网登录优秀硕士学位论文等奖励。

指导的5名本科生分别以第一作者或者第二作者发表SCI学术论文，多名学生赴美国、英国、香港等地的世界一流高校深造。

获评“2022年度必赢体育官网登录优秀辅导员”、“必赢体育官网登录优秀硕士学位论文指导教师”。

带领学生获得2023年“大湾区杯”AI for Science竞赛一等奖。

 

其它

       本课题组常年招收博士后、博士、学术型硕士以及本科实习学生，欢迎加入，待遇从优。

       联系方式：sunxq6@mail.sysu.edu.cn

       通讯地址：广东省广州市海珠区新港西路135号必赢体育官网登录新数学楼. 邮编510275.